Laik düzeni yıkmaya yönelik çalışmalar yaptıkları, kamuoyu oluşturdukları iddasıyla  Refah-Yol hükümetini "Pos-modern askeri müdahale" ile düşürdükleri savıyla, AKP hükümeti girişimiyle haklarında davalar açılan, bu davalar sonucu aylarca ve senelerce Silivri cezaevlerinde yatan komutandan biri olan aynı zamanda Atatürkçü Düşünce Derneği Genel başkanlığı da yapmış değerli bir aydınımız; Şener Eruygur paşa'nın neler yaptığını öğrenince duygulanmamak elde değil !
   Jandarma Genel Komutanlığı görevindeyken, devletin yetemediği yerlerde katkı yapmış, Cumhuriyetin çocuklarını korumak,kollamak için de çalışmış ve zor durumdaki binlerce çocuğa  şevkat elini uzatmış ve yüzlerce subayını da bakınız nasıl harekete geçirmiş.
   28 Haziran 2003 tarihli Star gazetesi haberi şöyle; "Jandarmadan eğitime katkı"
Jandarma Gn. Komutanı Orgeneral Şener Eruygur, Üniversiteye girecek kadar başarılı fakat fakir öğrencilere Cumhuriyet ve Atatürk düşmanı tarikat ve cemaatlerin kanca atmaması için eğitim yardımı seferberliği başlattı. 81ilin jandarma komutanlığı'na bu konuda yazılı emir yayınladı. Eruygur Paşa "Her ilçe jandarma komutanlığı en az iki öğrenciye bir eğitim yılında burs verecek. İmkanlar dahilinde burs verilen öğrencilerin dersane ve kırtasiye gibi tüm masrafları karşılanacak" dedi.Türkiye'de jandarma toplam 901 ilçede örgütlü. Yani bu müthiş kampanya ile 2 bin den fazla öğrenci eğitim imkanı bulacak. Maaşlarından ödeyecekleri Şener Eruygur'un fitilini ateşlediği     dev kampanya kısa sürede ivme kazandı.
Öncelikle Üniversite sınavlarına hazırlanan teşekkür ve takdirli yoksul lise öğrencileri tespit edildi. Jandarma teşkilatında görevli tüm subay, astsubay ve uzman çavuşlar kampanyaya gönülden destek verdi. Halen jandarma bünyesinde 42 bin personel görev alıyor. Çeşitli rütbelerdeki tüm personel maaşları oranında, eğitime katkı havuzu için para aktarmaya başladı. Askerin "sessiz sedasız" yürüttüğü kampanyada, Ankara İl Jandarma Komutanlığı'nın bu eğitim-öğretim döneminde 44 öğrenciye burs verdiği ortaya çıktı. Eğitim seferberliği ilan eden Şener Eruygur kampanyaya para yardımı ile katıldığı belirtildi. Eruygurun yanısıra, Jandarma karargahı'nda görevli tüm generaller, bölge komutanları da bu anlamlı fona yardımda bulunuyor.
  Umarım bugün de aynı duyarlılığı gösterip fakir fukara içinden "bilim adamları" çıkması için uğraşan komutanlarımız vardır. Böyle bir seferberliğe her zaman ihtiyacımız var.                                                                                 Saygılarımla.