İşte Ergenekon'un organizasyon şeması
Şemaya göre, örgütün en tepesi bulunmakla birlikte güvenilir şahıslardan oluşan bir kontrol dairesi yer alıyor. Klasörlerin içerisinde yer alan şemeda örgüt başkanın hemen altında istihbarat daire komutanlığı, istihbarat analiz ve değerlendirme komutanlığı, örgüt içi araştırma daire komutanlığı bulunuyor.
Şemada yer alan operasyon daire komutanlığı, teori tasarım planlama daire başkanlığı ve finansman daire başkanlığının üyelerinin ise sivil toplum kuruşlarında olduğu iddia edildi.
Klasörde yer alan Ek-7 nolu örgüt şemasında örgüt başkanının isminin siyah bir bantla kapatıldığı görüldü. Başkanın hemen altında ise Veli Küçük'ün adının olduğu görüldü.
Aydınlık Dergisi'nin örgütün yayın organı olarak gösterildiği klasörde Doğu Perinçek'in, örgüt başkanıyla isminin kapalı olarak yer aldığı bir kişi aracılığı ile görüştüğü belirtildi.